ATYS cuenta con las siguientes certificaciones y el alcance definido más abajo:

CERTIFICADO ISO 27001:2005
- Alcance certificado:
  Gestión de la Seguridad de la Información asociada a los servicios de: Administración y soporte de redes; Implantación y mantenimiento de la aplicación ABSIS.
  (obtención Agosto 2009)

CERTIFICADO ISO 9001:2000
- Alcance certificado:
  Instalaciones Informáticas y servicios asociados para la Administración Pública.
  (obtención abril 2007)